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EL SISTEMA

Un sistema de IA evidence-first para ciencias de la vida.

Claude compone cinco plugins de razonamiento con veintiocho productos DomainOS especializados sobre una capa de datos MCP verificada por hash. Los claims se asientan en artefactos. Los artefactos llevan procedencia. Las decisiones críticas pasan por puertas humanas.

1.062+ skills · 185+ agentes · 28 DomainOS · 16+ herramientas MCP

EL SISTEMA DE CO-TRABAJO

Cómo fluye una petición.

Una petición atraviesa siete etapas — enrutamiento de intención, dispatch de plugin, agentes en paralelo, verificación de evidencia, puertas humanas, revisión adversarial, artefactos canónicos — con contratos tipados en cada frontera.

FLUJO DE PETICIÓN

  1. 01

    Intención del usuario

    classify_intent() → 13 categorías, score de confianza

  2. 02

    Dispatch del motor

    Contrato EngineRouting, nivel HITL, modo de evidencia

  3. 03

    Ejecución en paralelo

    DomainOS + MCP + KG (validated | exploratory | degraded)

  4. 04

    Puertas HITL

    Checkpoints de hipótesis, diseño, ejecución y publicación

  5. 05

    Evidence Guardian

    Grounding + procedencia + detección de contradicciones

  6. 06

    Revisión Swiss Cheese

    Adversarial A (Opus) + B (Sonnet) antes del merge

  7. 07

    5 artefactos canónicos

    result, report, provenance, gate_status, session

ARQUITECTURA DE 4 CAPAS

CAPA 1 · ORQUESTADOR

hordago core

Router de intención + contratos de evidencia

CAPA 2A · SERVIDORES MCP

10 servidores, 16+ herramientas

PubMed, ChEMBL, bioRxiv, Knowledge Graph…

CAPA 2B · PLUGINS DE RAZONAMIENTO

Cinco plugins compuestos

co-writer, co-scientist, sophia, paper-intel, knowledge-graph

CAPA 2C · DOMAINOS

28 dominios especializados

CRISPRos, GWASos, BIOos, onco-os…

LA CAPA DE RAZONAMIENTO

Cinco plugins que Claude compone.

Cada plugin es un sistema de razonamiento evidence-first con sus propias skills, agentes y herramientas MCP. Claude los compone para cualquier flujo de trabajo — escribir, hipotetizar, razonar, rastrear claims, conectar conocimiento.

co-writer

34 skills · 5 agentes

Compiles scientific writing

Compiles submission-grade papers, grants, biosketches, and CVs from structured intent and lab data. Every output compiled from artifacts, with claim-to-evidence tracking and venue formatting.

  • — compile-manuscript
  • — evidence-audit
  • — scientific-writing
  • — peer-review
  • — compliance-lint

co-scientist

8 skills · 7 agentes

Generates and critiques hypotheses

Hypothesis-driven research assistant. Generates, critiques, and evaluates hypotheses using the Swanson ABC model across a 6-phase pipeline — Scout → Generate → Critique → Scan → Plan → Review — with Elo tournament ranking.

  • — hypothesis-generate
  • — hypothesis-critique
  • — analysis-plan
  • — novelty-scan
  • — gap-detect

sophia-claudette

7 skills · 9 agentes

Audits scientific reasoning

Scientific reasoning plugin for Claude Code. Runs as automatic background observations and an explicit deep mode — uncertainty calibration, causal skepticism, drift auditing, epistemic diagnostics.

  • — uncertainty-calibration
  • — causal-skepticism
  • — drift-audit
  • — epistemic-math
  • — decision-audit

paper-intelligence

12 skills · 3 agentes · 5 MCP

Extracts and tracks claims

Extracts structured claims from scientific papers, builds evidence graphs, and queries claim relationships. Seven-stage ingestion: ingest → extract → normalize → dedup → link → tag → upsert. Provenance is never fabricated.

  • — paper-ingest
  • — claim-extract
  • — claim-graph-query
  • — contradiction-detection
  • — claim-provenance

knowledge-graph

5 skills · 1 agentes · 11 MCP

Unifies biomedical knowledge

Universal biomedical knowledge graph infrastructure. Neo4j graph + DuckDB columnar + SQLite FTS5 text search, Biolink Model schema, namespace-isolated across pi, t1d, gwas, crispr, tools, hyp, skill.

  • — graph-query
  • — graph-ingest
  • — graph-search
  • — graph-explore
  • — graph-status

28 PRODUCTOS DOMAINOS

Un stack, todos los dominios de ciencias de la vida.

Cada DomainOS empaqueta los flujos de trabajo, las puertas de evidencia y los requisitos de procedencia de su campo, y compone los plugins de razonamiento para los movimientos de ese dominio.

Genomics & Variants (8)

  • BIOos

    Alignment, QC, RNA-seq

  • GWASos

    Association, fine-mapping

  • varfx-os

    Variant annotation

  • finemap-os

    Statistical fine-mapping

  • prs-os

    Polygenic risk scores

  • mendel-os

    Mendelian genetics

  • clinvar-os

    ClinVar interpretation

  • longread-os

    ONT, PacBio

Cell & Molecular (4)

Omics (5)

  • onco-os

    Somatic, neoantigen

  • microbiome-os

    16S, metagenomics

  • proteomics-os

    Mass spec

  • metab-os

    Metabolomics

  • immuno-os

    Immune repertoire

Imaging & Structure (2)

  • struct-os

    AlphaFold, docking

  • bioimage-os

    Microscopy

Clinical & Regulatory (3)

  • rare-os

    Rare disease, ACMG

  • clinical-os

    EHR, PyHealth

  • reg-os

    ISO 13485, FDA QMSR

Drug Discovery (3)

  • chem-os

    Cheminformatics

  • admet-os

    ADMET prediction

  • virtual-screen-os

    Virtual screening

Systems & Networks (3)

  • systems-os

    Systems biology

  • pathway-os

    Pathway analysis

  • grn-os

    Gene regulatory networks

CAPA DE DATOS MCP

Diez servidores, bajo demanda.

Acceso bajo demanda a bases de datos biomédicas vía Model Context Protocol. Los servidores permanecen inactivos hasta que se invoca una herramienta — solo la consulta y su respuesta consumen contexto.

biocontext7

2,064 deep bioinformatics skills

stdio

PubMed

36M+ biomedical articles

HTTP

ChEMBL

2.4M bioactive compounds

HTTP

bioRxiv

Preprints (bio + med)

HTTP

ClinicalTrials

ClinicalTrials.gov registry

HTTP

Open Targets

Drug target evidence

HTTP

Synapse

Sage Bionetworks data

HTTP

BioRender

Scientific figure generation

HTTP

Knowledge Graph

Neo4j biomedical KG

stdio

Paper Intelligence

Claim graph queries

stdio

CATÁLOGO DE FLUJOS COMPUESTOS

1.062+ skills en 8 capas de capacidad.

Cada skill es un contrato tipado con entradas, salidas, procedencia y validación. Los agentes las componen sin inventarse pasos.

Escritura y publicación

34

manuscritos, grants, CVs, presentaciones, pósters, slides, revisiones de literatura, peer review, Google Docs

Descubrimiento e hipótesis

8

pipeline co-scientist, hypothesis-generate/critique, novelty-scan, gap-detect, controversy-map

Razonamiento y epistémica

7

modo profundo sophia, calibración de incertidumbre, matemática epistémica, escepticismo causal, auditoría de deriva

Conocimiento y claims

17

ingesta de papers, extracción de claims, consultas al grafo, detección de gaps, escaneo de contradicciones, redes de citas

Estadística y análisis

9

regresión de Cox, power-analyst, multi-comparación, tamaño de efecto, assumption-checker, test-selector, series temporales

Visualización de datos

11

matplotlib-publication, seaborn-stats, viz interactiva, figure-compose, esquemas, redes de citas

Infraestructura de verificación

6

verified-skills (CONTRACT.json), evidence-audit, context-discovery-mcp (embeddings GPU)

Pipelines y servicios externos

22

BIOos, Karpathy 6-phase, Benchling, DNAnexus, Ginkgo, LatchBio, Opentrons, OMERO, Modal

EN CIFRAS

Estado actual.

1.062+

Total de skills

185+

Total de agentes

28

Productos DomainOS

16+

Herramientas MCP

5

Plugins de motor

56

Repos en la org

10

Servidores de datos MCP

9

Primitivas estadísticas

Compón el sistema completo.

Empieza con un DomainOS, añade motores de razonamiento, conecta con la capa de datos MCP. Cada salida lleva procedencia auditable de extremo a extremo.

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