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EL SISTEMA

Un sistema de IA evidence-first para ciencias de la vida.

Claude compone una capa de razonamiento compartida con productos DomainOS especializados sobre una capa de datos MCP. Los claims se asientan en artefactos. Los artefactos llevan procedencia. Las decisiones críticas pasan por puertas humanas.

4 plugins de razonamiento · 24 DomainOS · 6 planificados · 10 servidores de datos MCP

EL SISTEMA DE CO-TRABAJO

Cómo fluye una petición.

Una petición atraviesa 6 etapas — enrutamiento de intención, dispatch de plugin, agentes en paralelo, verificación de evidencia, puertas humanas, artefactos canónicos — con contratos tipados en cada frontera.

FLUJO DE PETICIÓN

  1. 01

    Intención del usuario

    Clasificación de intención con score de confianza

  2. 02

    Dispatch del motor

    Contrato de enrutamiento, nivel HITL, modo de evidencia

  3. 03

    Ejecución en paralelo

    DomainOS + MCP + KG (validated | exploratory | degraded)

  4. 04

    Puertas HITL

    Checkpoints de hipótesis, diseño, ejecución y publicación

  5. 05

    Evidence Guardian

    Grounding + procedencia + detección de contradicciones

  6. 06

    5 artefactos canónicos

    result, report, provenance, gate_status, session

CAPAS DEL SISTEMA

ORQUESTADOR

hordago core

Router de intención + contratos de evidencia

SERVIDORES MCP

10 servidores

PubMed, ChEMBL, bioRxiv, Knowledge Graph…

PLUGINS DE RAZONAMIENTO

4 plugins compuestos

co-writer, co-scientist, paper-intel, knowledge-graph

DOMAINOS

24 dominios especializados

CRISPRos, GWASos, BIOos, ONCOos…

LA CAPA DE RAZONAMIENTO

4 plugins que Claude compone.

Cada plugin es un sistema de razonamiento evidence-first con sus propias skills, agentes y herramientas MCP. Claude los compone para cualquier flujo de trabajo — escribir, hipotetizar, razonar, rastrear claims, conectar conocimiento.

co-writer

Compiles scientific writing

Compiles submission-grade papers, grants, biosketches, and CVs from structured intent and lab data. Every output compiled from artifacts, with claim-to-evidence tracking and venue formatting.

  • — compile-manuscript
  • — evidence-audit
  • — scientific-writing
  • — peer-review
  • — compliance-lint

co-scientist

Generates and critiques hypotheses

Hypothesis-driven research assistant. Generates, critiques, and evaluates hypotheses using the Swanson ABC model across a 6-phase pipeline — Scout → Generate → Critique → Scan → Plan → Review — with Elo tournament ranking.

  • — hypothesis-generate
  • — hypothesis-critique
  • — analysis-plan
  • — novelty-scan
  • — gap-detect

paper-intelligence

5 MCP

Extracts and tracks claims

Extracts structured claims from scientific papers, builds evidence graphs, and queries claim relationships. Seven-stage ingestion: ingest → extract → normalize → dedup → link → tag → upsert. Every claim carries the source it came from.

  • — paper-ingest
  • — claim-extract
  • — claim-graph-query
  • — contradiction-detection
  • — claim-provenance

knowledge-graph

11 MCP

Unifies biomedical knowledge

Universal biomedical knowledge graph infrastructure. Neo4j graph + DuckDB columnar + SQLite FTS5 text search, Biolink Model schema, namespace-isolated across pi, t1d, gwas, crispr, tools, hyp, skill.

  • — graph-query
  • — graph-ingest
  • — graph-search
  • — graph-explore
  • — graph-status

PRODUCTOS DOMAINOS

Un stack, todos los dominios de ciencias de la vida.

Cada DomainOS empaqueta los flujos de trabajo, las puertas de evidencia y los requisitos de procedencia de su campo, y compone los plugins de razonamiento para los movimientos de ese dominio.

Genomics & Variants (9)

  • BIOos

    Alignment, QC, RNA-seq

  • GWASos

    Association, fine-mapping

  • VARFXos

    Variant annotation

  • FINEMAPos

    Statistical fine-mapping

  • PRSos

    Polygenic risk scores

  • MENDELos

    Mendelian genetics

  • CLINVARos

    ClinVar interpretation

  • LONGREADos

    ONT, PacBio

  • REGos

    Enhancers, TF binding, chromatin

Cell & Molecular (5)

Omics (6)

  • ONCOos

    Somatic, neoantigen

  • MICROBIOMEos

    16S, metagenomics

  • PROTEOMICSos

    Mass spec

  • METABos

    Metabolomics

  • IMMUNOos

    Immune repertoire

  • MULTIos

    Multi-omics integration

Imaging & Structure (2)

  • STRUCTos

    AlphaFold, docking

  • BIOIMAGEos

    Microscopy

Clinical & Regulatory (2)

  • RAREos

    Rare disease, ACMG

  • CLINICALos

    EHR and cohort analysis

Drug Discovery (3)

  • CHEMos

    Cheminformatics

  • ADMETos

    ADMET prediction

  • VIRTUALSCREENos

    Virtual screening

Systems & Networks (3)

  • SYSTEMSos

    Systems biology

  • PATHWAYos

    Pathway analysis

  • GRNos

    Gene regulatory networks

CAPA DE DATOS MCP

Diez servidores, bajo demanda.

Acceso bajo demanda a bases de datos biomédicas vía Model Context Protocol. Los servidores permanecen inactivos hasta que se invoca una herramienta — solo la consulta y su respuesta consumen contexto.

biocontext7

Deep bioinformatics skill bundles

stdio

PubMed

36M+ biomedical articles

HTTP

ChEMBL

2.4M bioactive compounds

HTTP

bioRxiv

Preprints (bio + med)

HTTP

ClinicalTrials

ClinicalTrials.gov registry

HTTP

Open Targets

Drug target evidence

HTTP

Synapse

Sage Bionetworks data

HTTP

BioRender

Scientific figure generation

HTTP

Knowledge Graph

Neo4j biomedical KG

stdio

Paper Intelligence

Claim graph queries

stdio

CATÁLOGO DE FLUJOS COMPUESTOS

6 capas de contratos de skills tipados.

Cada skill es un contrato tipado con entradas, salidas, procedencia y validación. Los agentes las componen sin inventarse pasos.

Escritura y publicación

34

manuscritos, grants, CVs, presentaciones, pósters, slides, revisiones de literatura, peer review, Google Docs

Descubrimiento e hipótesis

8

pipeline co-scientist, hypothesis-generate/critique, novelty-scan, gap-detect, controversy-map

Conocimiento y claims

17

ingesta de papers, extracción de claims, consultas al grafo, detección de gaps, escaneo de contradicciones, redes de citas

Estadística y análisis

9

regresión de Cox, power-analyst, multi-comparación, tamaño de efecto, assumption-checker, test-selector, series temporales

Visualización de datos

11

matplotlib-publication, seaborn-stats, viz interactiva, figure-compose, esquemas, redes de citas

Infraestructura de verificación

6

verified-skills (CONTRACT.json), evidence-audit, context-discovery-mcp (embeddings GPU)

EN CIFRAS

Estado actual.

24

DomainOS con repositorio

6

DomainOS planificados

7

Dominios científicos

10

Servidores de datos MCP

4

Plugins de motor

30

Entradas del registro

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