Joan eduki nagusira

SISTEMA

Evidence-first AA sistema bat bizitza zientzietarako.

Claude-k arrazoiketa geruza partekatu bat konposatzen du DomainOS produktu espezializatuekin, MCP datu geruza baten gainean. Claim-ak artefaktuetan oinarritzen dira. Artefaktuek jatorria daramate. Erabaki kritikoak giza ateetatik pasatzen dira.

4 arrazoiketa plugin · 24 DomainOS · 6 aurreikusita · 10 MCP datu zerbitzari

ELKARLAN SISTEMA

Nola doa eskaera bat.

Eskaera batek 6 fase zeharkatzen ditu — asmo bideraketa, plugin dispatch-a, agente paraleloak, ebidentzia egiaztatzea, giza ateak, artefaktu kanonikoak — kontratu tipatuekin muga bakoitzean.

ESKAERA FLUXUA

  1. 01

    Erabiltzailearen asmoa

    Asmo-sailkapena konfiantza puntuazioarekin

  2. 02

    Motorraren dispatch-a

    Bideratze kontratua, HITL maila, ebidentzia modua

  3. 03

    Exekuzio paraleloa

    DomainOS + MCP + KG (validated | exploratory | degraded)

  4. 04

    HITL ateak

    Hipotesi, diseinu, exekuzio eta argitalpen checkpoint-ak

  5. 05

    Evidence Guardian

    Grounding + jatorria + kontraesan detekzioa

  6. 06

    5 artefaktu kanoniko

    result, report, provenance, gate_status, session

SISTEMAREN GERUZAK

ORKESTRATZAILEA

hordago core

Asmo bideratzailea + ebidentzia kontratuak

MCP ZERBITZARIAK

10 zerbitzari

PubMed, ChEMBL, bioRxiv, Knowledge Graph…

ARRAZOIKETA PLUGINAK

4 plugin konposatu

co-writer, co-scientist, paper-intel, knowledge-graph

DOMAINOS

24 domeinu espezializatu

CRISPRos, GWASos, BIOos, ONCOos…

ARRAZOIKETA GERUZA

Claude-k konposatzen dituen 4 plugin.

Plugin bakoitza evidence-first arrazoiketa sistema bat da, bere skill, agente eta MCP tresnekin. Claude-k elkarrekin konposatzen ditu edozein lan-fluxurako — idazteko, hipotesiak egiteko, arrazoitzeko, claim-ak jarraitzeko, ezagutza lotzeko.

co-writer

Compiles scientific writing

Compiles submission-grade papers, grants, biosketches, and CVs from structured intent and lab data. Every output compiled from artifacts, with claim-to-evidence tracking and venue formatting.

  • — compile-manuscript
  • — evidence-audit
  • — scientific-writing
  • — peer-review
  • — compliance-lint

co-scientist

Generates and critiques hypotheses

Hypothesis-driven research assistant. Generates, critiques, and evaluates hypotheses using the Swanson ABC model across a 6-phase pipeline — Scout → Generate → Critique → Scan → Plan → Review — with Elo tournament ranking.

  • — hypothesis-generate
  • — hypothesis-critique
  • — analysis-plan
  • — novelty-scan
  • — gap-detect

paper-intelligence

5 MCP

Extracts and tracks claims

Extracts structured claims from scientific papers, builds evidence graphs, and queries claim relationships. Seven-stage ingestion: ingest → extract → normalize → dedup → link → tag → upsert. Every claim carries the source it came from.

  • — paper-ingest
  • — claim-extract
  • — claim-graph-query
  • — contradiction-detection
  • — claim-provenance

knowledge-graph

11 MCP

Unifies biomedical knowledge

Universal biomedical knowledge graph infrastructure. Neo4j graph + DuckDB columnar + SQLite FTS5 text search, Biolink Model schema, namespace-isolated across pi, t1d, gwas, crispr, tools, hyp, skill.

  • — graph-query
  • — graph-ingest
  • — graph-search
  • — graph-explore
  • — graph-status

DOMAINOS PRODUKTUAK

Stack bat, bizitza zientzien domeinu guztiak.

DomainOS bakoitzak bere arloko lan-fluxuak, ebidentzia ateak eta jatorri baldintzak paketatzen ditu, eta domeinu horretako mugimenduetarako arrazoiketa pluginak konposatzen ditu.

Genomics & Variants (9)

  • BIOos

    Alignment, QC, RNA-seq

  • GWASos

    Association, fine-mapping

  • VARFXos

    Variant annotation

  • FINEMAPos

    Statistical fine-mapping

  • PRSos

    Polygenic risk scores

  • MENDELos

    Mendelian genetics

  • CLINVARos

    ClinVar interpretation

  • LONGREADos

    ONT, PacBio

  • REGos

    Enhancers, TF binding, chromatin

Cell & Molecular (5)

Omics (6)

  • ONCOos

    Somatic, neoantigen

  • MICROBIOMEos

    16S, metagenomics

  • PROTEOMICSos

    Mass spec

  • METABos

    Metabolomics

  • IMMUNOos

    Immune repertoire

  • MULTIos

    Multi-omics integration

Imaging & Structure (2)

  • STRUCTos

    AlphaFold, docking

  • BIOIMAGEos

    Microscopy

Clinical & Regulatory (2)

  • RAREos

    Rare disease, ACMG

  • CLINICALos

    EHR and cohort analysis

Drug Discovery (3)

  • CHEMos

    Cheminformatics

  • ADMETos

    ADMET prediction

  • VIRTUALSCREENos

    Virtual screening

Systems & Networks (3)

  • SYSTEMSos

    Systems biology

  • PATHWAYos

    Pathway analysis

  • GRNos

    Gene regulatory networks

MCP DATU GERUZA

Hamar zerbitzari, eskariaren arabera.

Datu-base biomedikoetarako sarrera eskariaren arabera, Model Context Protocol bidez. Zerbitzariak geldi egoten dira tresna bat deitu arte — kontsultak eta bere erantzunak bakarrik kontsumitzen dute testuingurua.

biocontext7

Deep bioinformatics skill bundles

stdio

PubMed

36M+ biomedical articles

HTTP

ChEMBL

2.4M bioactive compounds

HTTP

bioRxiv

Preprints (bio + med)

HTTP

ClinicalTrials

ClinicalTrials.gov registry

HTTP

Open Targets

Drug target evidence

HTTP

Synapse

Sage Bionetworks data

HTTP

BioRender

Scientific figure generation

HTTP

Knowledge Graph

Neo4j biomedical KG

stdio

Paper Intelligence

Claim graph queries

stdio

LAN-FLUXU KONPOSATUEN KATALOGOA

Skill kontratu tipatuen 6 gaitasun geruza.

Skill bakoitza kontratu tipatu bat da, sarrerak, irteerak, jatorria eta balidazioarekin. Agenteek konposatzen dituzte urratsak asmatu gabe.

Idazketa eta argitalpena

34

eskuizkribuak, grantak, CV-ak, aurkezpenak, posterrak, slide-ak, literatura berrikuspenak, peer review, Google Docs

Aurkikuntza eta hipotesiak

8

co-scientist pipeline-a, hypothesis-generate/critique, novelty-scan, gap-detect, controversy-map

Ezagutza eta claim-ak

17

paper-en hartzea, claim-en ateratzea, grafoko kontsultak, gap detekzioa, kontraesan eskaneatzea, zita sareak

Estatistika eta analisia

9

Cox erregresioa, power-analyst, multi-konparazioa, efektu-tamaina, assumption-checker, test-selector, denbora-serieak

Datuen bisualizazioa

11

matplotlib-publication, seaborn-stats, viz interaktiboa, figure-compose, eskemak, zita sareak

Egiaztapen azpiegitura

6

verified-skills (CONTRACT.json), evidence-audit, context-discovery-mcp (GPU embeddings)

ZENBAKIETAN

Uneko egoera.

24

DomainOS biltegiarekin

6

DomainOS aurreikusita

7

Domeinu zientifikoak

10

MCP datu zerbitzariak

4

Motorraren pluginak

30

Erregistroko sarrerak

Konposatu sistema osoa.

Hasi DomainOS batekin, gehitu arrazoiketa motorrak, konektatu MCP datu geruzara. Irteera bakoitzak puntu-puntuko jatorri auditagarria darama.

Arakatu produktuak