EL CATÁLOGO

Sistemas Operativos de Dominio. Una pila compuesta.

Cada DomainOS es una capa fina sobre plugins de razonamiento compartidos y la capa de datos MCP. Diseñados para un dominio científico — genómica, CRISPR, descubrimiento de fármacos, clínica — con aprobación humana en cada decisión crítica.

Explorar CRISPRos Ver todos los dominios

Los productos DomainOS son sistemas operativos de dominio construidos sobre plugins de razonamiento compartidos y una capa de datos MCP verificada. Voltea cualquier tarjeta para ver herramientas integradas y un ejemplo real.

EL CATÁLOGO

Cada dominio. Cada flujo. Un manifiesto de procedencia.

7 categorías, 24 sistemas operativos con repositorio, 6 planificados. Haz clic en cualquier tarjeta para ver sus herramientas integradas, entradas y salidas, y un flujo de ejemplo.

Genómica y variantes

9 productos

Genomics & Variants

Beta

BIOos

Alignment, QC, RNA-seq

3 MCPs · controles HITL

BIOos

Beta

3 MCPs

controles HITL

FASTQ · Reference genome · Sample sheet

Out

BAM/CRAM · MultiQC report · Count matrix

Herramientas integradas

STAR BWA-MEM2 samtools MultiQC

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Align a 50-sample RNA-seq cohort with provenance-tracked QC gates.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Genomics & Variants

Beta

GWASos

Association, fine-mapping

3 MCPs · controles HITL

Abrir →

GWASos

Beta

3 MCPs

controles HITL

PLINK/VCF · Phenotype table · Covariates

Out

Summary stats · Manhattan plot · Credible sets

Herramientas integradas

PLINK2 REGENIE SAIGE SuSiE

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Run a biobank-scale association with calibrated inflation checks.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Abrir docs →

Genomics & Variants

Beta

VARFXos

Variant annotation

3 MCPs · controles HITL

VARFXos

Beta

3 MCPs

controles HITL

VCF · Gene models

Out

Annotated VCF · Effect tiers · Evidence trail

Herramientas integradas

VEP SnpEff AlphaMissense

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Prioritize coding + regulatory variants with grounded effect calls.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Genomics & Variants

Beta

FINEMAPos

Statistical fine-mapping

3 MCPs · controles HITL

FINEMAPos

Beta

3 MCPs

controles HITL

GWAS summary stats · LD reference

Out

Credible sets · Posterior probs · Locus plots

Herramientas integradas

SuSiE FINEMAP CAVIAR PolyFun

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Narrow a GWAS locus to a handful of credible causal variants.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Genomics & Variants

Beta

PRSos

Polygenic risk scores

3 MCPs · controles HITL

PRSos

Beta

3 MCPs

controles HITL

GWAS weights · Target genotypes

Out

PRS per sample · Calibration plot · Ancestry audit

Herramientas integradas

PRS-CS LDpred2 PLINK2

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Derive a cross-ancestry PRS with bias and calibration diagnostics.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Genomics & Variants

Beta

MENDELos

Mendelian genetics

3 MCPs · controles HITL

MENDELos

Beta

3 MCPs

controles HITL

Pedigree · Trio VCF · HPO terms

Out

Candidate variants · Inheritance fit · ACMG class

Herramientas integradas

Exomiser GEMINI Phen2Gene

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Narrow a trio exome to a ranked list of Mendelian candidates.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Genomics & Variants

Beta

CLINVARos

ClinVar interpretation

3 MCPs · controles HITL

CLINVARos

Beta

3 MCPs

controles HITL

VCF · Variant IDs

Out

ClinVar evidence · Conflict report · Citation trail

Herramientas integradas

ClinVar LitVar OMIM

Servidores MCP

biocontext7 ClinicalTrials PubMed

Ejemplo

Audit clinical variant interpretations against latest ClinVar evidence.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Genomics & Variants

Beta

LONGREADos

ONT, PacBio

3 MCPs · controles HITL

LONGREADos

Beta

3 MCPs

controles HITL

Nanopore / HiFi FASTQ · Reference

Out

Phased BAM · SV VCF · Methylation BED

Herramientas integradas

minimap2 Sniffles Clair3 Nanopolish

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Phase a long-read genome and resolve structural variants end to end.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Genomics & Variants

Beta

REGos

Enhancers, TF binding, chromatin

2 MCPs · controles HITL

REGos

Beta

2 MCPs

controles HITL

ATAC / ChIP-seq reads · Reference genome · TF motif database

Out

Consensus peaks · Motif enrichment · Enhancer-gene links

Herramientas integradas

MACS2 HOMER TOBIAS chromVAR ENCODE Cistrome DB

Servidores MCP

PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Call accessibility peaks, footprint transcription factors, and link enhancers to genes.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Célula y molecular

5 productos

Cell & Molecular

Beta

CRISPRos

Guide design, knockouts

3 MCPs · controles HITL

Abrir →

CRISPRos

Beta

3 MCPs

controles HITL

Target gene(s) · Cell line · Delivery context

Out

Guide library · Off-target report · Experiment manifest

Herramientas integradas

CRISPOR CHOPCHOP FlashFry Azimuth

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Design a tiled knockout library with human approval at every gate.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Abrir docs →

Cell & Molecular

Beta

SCREENos

CRISPR screens, MAGeCK

3 MCPs · controles HITL

SCREENos

Beta

3 MCPs

controles HITL

Counts matrix · Library design · Conditions

Out

Hit list · Gene-level scores · QC dashboard

Herramientas integradas

MAGeCK BAGEL drugZ ScreenPro2

Servidores MCP

biocontext7 PubMed BioRender

Ejemplo

Run a pooled CRISPR screen from counts to ranked, evidence-grounded hits.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Cell & Molecular

Beta

CELLos

Cell biology analysis

3 MCPs · controles HITL

CELLos

Beta

3 MCPs

controles HITL

scRNA / sc-ATAC counts · Sample metadata

Out

Annotated atlas · Marker panels · Trajectory

Herramientas integradas

Scanpy Seurat scVI CellTypist

Servidores MCP

biocontext7 PubMed BioRender

Ejemplo

Annotate a single-cell atlas with reproducible cell-type calls.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Cell & Molecular

Beta

SPATIALos

Spatial transcriptomics

3 MCPs · controles HITL

SPATIALos

Beta

3 MCPs

controles HITL

Visium / Xenium / MERFISH · H&E image

Out

Niche map · Co-localization · Cell-cell signals

Herramientas integradas

Squidpy CellCharter SpatialData SOPA

Servidores MCP

biocontext7 PubMed BioRender

Ejemplo

Map tissue niches and cell-cell communication across spatial slides.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Cell & Molecular

Beta

ATLASos

Cell atlas construction

2 MCPs · controles HITL

ATLASos

Beta

2 MCPs

controles HITL

Single-cell counts · Reference atlas · Study metadata

Out

Integrated atlas · Reference mapping · Annotation report

Herramientas integradas

Scanpy scvi-tools CellTypist scArches CELLxGENE scIB

Servidores MCP

Knowledge Graph PubMed

Ejemplo

Build a cross-study cell atlas and map new samples onto a reference.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Ómicas

6 productos

Omics

Beta

ONCOos

Somatic, neoantigen

4 MCPs · controles HITL

ONCOos

Beta

4 MCPs

controles HITL

Tumor/normal BAM · HLA type

Out

Somatic VCF · Neoantigens · Signatures

Herramientas integradas

Mutect2 pVACtools SigProfiler MSIsensor

Servidores MCP

biocontext7 ChEMBL PubMed Paper Intelligence

Ejemplo

Profile a tumor from raw reads through prioritized neoantigens.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Omics

Beta

MICROBIOMEos

16S, metagenomics

3 MCPs · controles HITL

MICROBIOMEos

Beta

3 MCPs

controles HITL

16S / shotgun FASTQ · Sample metadata

Out

ASV table · Taxonomy · Function profile

Herramientas integradas

QIIME 2 Kraken2 HUMAnN MetaPhlAn

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Paper Intelligence

Ejemplo

Go from raw microbiome reads to differential-abundance figures.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Omics

Beta

PROTEOMICSos

Mass spec

3 MCPs · controles HITL

PROTEOMICSos

Beta

3 MCPs

controles HITL

RAW / mzML · Sample design

Out

Protein matrix · PTM sites · Differential report

Herramientas integradas

MaxQuant FragPipe DIA-NN MSstats

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Paper Intelligence

Ejemplo

Quantify a label-free proteomics cohort with PTM-aware QC.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Omics

Beta

METABos

Metabolomics

3 MCPs · controles HITL

METABos

Beta

3 MCPs

controles HITL

LC-MS / NMR · Metadata

Out

Feature table · Annotations · Pathway enrichment

Herramientas integradas

XCMS MS-DIAL MetaboAnalyst GNPS

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Paper Intelligence

Ejemplo

Annotate and contextualize untargeted metabolomics features.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

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Omics

Beta

IMMUNOos

Immune repertoire

3 MCPs · controles HITL

IMMUNOos

Beta

3 MCPs

controles HITL

TCR / BCR sequencing · Clonal metadata

Out

Clonotype table · Diversity stats · V(D)J map

Herramientas integradas

MiXCR TRUST4 Immcantation scirpy

Servidores MCP

biocontext7 PubMed Paper Intelligence

Ejemplo

Characterize TCR/BCR repertoire dynamics across treatment arms.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Omics

Beta

MULTIos

Multi-omics integration

2 MCPs · controles HITL

MULTIos

Beta

2 MCPs

controles HITL

Transcriptomics · Proteomics · Metabolomics

Out

Shared factors · Integrated model · Interpretation report

Herramientas integradas

MOFA mixOmics scikit-learn networkx

Servidores MCP

Knowledge Graph PubMed

Ejemplo

Find shared latent factors across transcriptome, proteome and metabolome.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Imagen y estructura

2 productos

Imaging & Structure

Beta

STRUCTos

AlphaFold, docking

4 MCPs · controles HITL

STRUCTos

Beta

4 MCPs

controles HITL

Sequence · Ligand SMILES · Target PDB

Out

Predicted structure · Pocket map · Docked poses

Herramientas integradas

AlphaFold3 ESMFold Boltz-1 DiffDock

Servidores MCP

biocontext7 PubMed BioRender Knowledge Graph

Ejemplo

Fold a target, find its pocket, and screen candidate binders.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Imaging & Structure

Beta

BIOIMAGEos

Microscopy

3 MCPs · controles HITL

BIOIMAGEos

Beta

3 MCPs

controles HITL

TIFF / OME-Zarr · Channel metadata

Out

Segmentation · Morphometrics · Tracking

Herramientas integradas

CellProfiler Cellpose StarDist napari

Servidores MCP

biocontext7 PubMed BioRender

Ejemplo

Segment and quantify phenotypes across high-content imaging plates.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Clínica y regulación

2 productos

Clinical & Regulatory

Beta

RAREos

Rare disease, ACMG

3 MCPs · controles HITL

RAREos

Beta

3 MCPs

controles HITL

Proband VCF · HPO phenotypes · Trio (optional)

Out

ACMG classification · Candidate list · Report draft

Herramientas integradas

Exomiser InterVar VarSome Franklin

Servidores MCP

ClinicalTrials PubMed Knowledge Graph

Ejemplo

Generate an ACMG-graded rare disease report with traceable evidence.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Clinical & Regulatory

Planificado

CLINICALos

EHR and cohort analysis

Todavía sin repositorio: no hay nada que mostrar en el reverso.

Descubrimiento de fármacos

3 productos

Drug Discovery

Beta

CHEMos

Cheminformatics

3 MCPs · controles HITL

CHEMos

Beta

3 MCPs

controles HITL

SMILES · Assay readouts

Out

Property table · Scaffold map · SAR summary

Herramientas integradas

RDKit ChEMBL DataWarrior Reaxys

Servidores MCP

ChEMBL PubMed Paper Intelligence

Ejemplo

Triage a library and pull out scaffold-level SAR trends.

Emite manifest.json · SHA-256 por artefacto

Solicitar acceso →

Drug Discovery

Planificado

ADMETos

ADMET prediction

Todavía sin repositorio: no hay nada que mostrar en el reverso.

Drug Discovery

Planificado

VIRTUALSCREENos

Virtual screening

Todavía sin repositorio: no hay nada que mostrar en el reverso.

Sistemas y redes

3 productos

Systems & Networks

Planificado

SYSTEMSos

Systems biology

Todavía sin repositorio: no hay nada que mostrar en el reverso.

Systems & Networks

Planificado

PATHWAYos

Pathway analysis

Todavía sin repositorio: no hay nada que mostrar en el reverso.

Systems & Networks

Planificado

GRNos

Gene regulatory networks

Todavía sin repositorio: no hay nada que mostrar en el reverso.

24 Sistemas Operativos de Dominio con repositorio, 6 planificados · Contados desde el registro de este repositorio · Haz clic en cualquier tarjeta para ver integraciones y un flujo de ejemplo

LA CAPA DE RAZONAMIENTO

4 plugins que Claude compone en cada ejecución.

Los productos DomainOS despachan a una capa de razonamiento compartida: 4 plugins que Claude compone en cada ejecución. Cada uno resuelve un problema científico difícil.

Plugin de razonamiento

Beta

co-writer

Compiles scientific writing

Compiles submission-grade papers, grants, biosketches, and CVs from structured intent and lab data. Every output compiled from artifacts, with claim-to-evidence tracking and venue formatting.

4 Habilidades clave · 5 Agentes · 3 MCPs

co-writer

Compiles scientific writing

Beta

4 Habilidades clave

5 Agentes

3 MCPs

Habilidades clave

compile-manuscript evidence-audit compliance-lint citation-resolve

Agentes

citation-resolver science-reviewer reviewer-simulator diff-presenter compiler-orchestrator

Servidores MCP

PubMed Paper Intelligence bioRxiv

Ejemplo

Compile an R01 renewal from lab data, prior papers, and aims — every sentence cited to a source artifact.

Emite: claim-to-evidence map + manifest.json

plugin/co-writer

Plugin de razonamiento

Beta

co-scientist

Generates and critiques hypotheses

Hypothesis-driven research assistant. Generates, critiques, and evaluates hypotheses using the Swanson ABC model across a 6-phase pipeline — Scout → Generate → Critique → Scan → Plan → Review — with Elo tournament ranking.

4 Habilidades clave · 7 Agentes · 4 MCPs

co-scientist

Generates and critiques hypotheses

Beta

4 Habilidades clave

7 Agentes

4 MCPs

Habilidades clave

hypothesis-generate hypothesis-critique novelty-scan analysis-plan

Agentes

research-copilot hypothesis-generator hypothesis-critic hypothesis-evaluator hypothesis-evolver debate-orchestrator tournament-ranker

Servidores MCP

PubMed bioRxiv Paper Intelligence Knowledge Graph

Ejemplo

Explore 'cold target' hypotheses for a rare disease with Elo-ranked debate between generator and critic agents.

Emite: HypothesisIR + DebateRecord + Elo ranking

plugin/co-scientist

Plugin de razonamiento

Beta

paper-intelligence

Extracts and tracks claims

Extracts structured claims from scientific papers, builds evidence graphs, and queries claim relationships. Seven-stage ingestion: ingest → extract → normalize → dedup → link → tag → upsert. Every claim carries the source it came from.

4 Habilidades clave · 3 Agentes · 4 MCPs

paper-intelligence

Extracts and tracks claims

Beta

4 Habilidades clave

3 Agentes

4 MCPs

Habilidades clave

paper-ingest claim-extract contradiction-detection claim-graph-query

Agentes

paper-intelligence-agent graph-builder claim-graph-builder

Servidores MCP

PubMed bioRxiv Paper Intelligence Knowledge Graph

Ejemplo

Ingest 40 papers on BRCA1 synthetic lethality and surface contradictions across the claim graph.

Emite: claim graph + provenance chain per claim

plugin/paper-intelligence

Plugin de razonamiento

Beta

knowledge-graph

Unifies biomedical knowledge

Universal biomedical knowledge graph infrastructure. Neo4j graph + DuckDB columnar + SQLite FTS5 text search, Biolink Model schema, namespace-isolated across pi, t1d, gwas, crispr, tools, hyp, skill.

4 Habilidades clave · 1 Agentes · 4 MCPs

knowledge-graph

Unifies biomedical knowledge

Beta

4 Habilidades clave

1 Agentes

4 MCPs

Habilidades clave

graph-query graph-ingest graph-search graph-explore

Agentes

graph-builder

Servidores MCP

Knowledge Graph PubMed ChEMBL Paper Intelligence

Ejemplo

Unify GWAS loci, tissue expression, and drug targets into one queryable graph for target selection.

Emite: Biolink-schema graph + citation edges

plugin/research-knowledge-graph

Ver cómo se componen las capas

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