Skip to main content

SISTEMA

Evidence-first AA sistema bat bizitza zientzietarako.

Claude-k bost arrazoiketa plugin konposatzen ditu hogeita zortzi DomainOS produktu espezializatuekin, hash bidez egiaztatutako MCP datu geruza baten gainean. Claim-ak artefaktuetan oinarritzen dira. Artefaktuek jatorria daramate. Erabaki kritikoak giza ateetatik pasatzen dira.

1.062+ skill · 185+ agente · 28 DomainOS · 16+ MCP tresna

ELKARLAN SISTEMA

Nola doa eskaera bat.

Eskaera batek zazpi fase zeharkatzen ditu — asmo bideraketa, plugin dispatch-a, agente paraleloak, ebidentzia egiaztatzea, giza ateak, adversarial berrikuspena, artefaktu kanonikoak — kontratu tipatuekin muga bakoitzean.

ESKAERA FLUXUA

  1. 01

    Erabiltzailearen asmoa

    classify_intent() → 13 kategoria, konfiantza puntuazioa

  2. 02

    Motorraren dispatch-a

    EngineRouting kontratua, HITL maila, ebidentzia modua

  3. 03

    Exekuzio paraleloa

    DomainOS + MCP + KG (validated | exploratory | degraded)

  4. 04

    HITL ateak

    Hipotesi, diseinu, exekuzio eta argitalpen checkpoint-ak

  5. 05

    Evidence Guardian

    Grounding + jatorria + kontraesan detekzioa

  6. 06

    Swiss Cheese berrikuspena

    Adversarial A (Opus) + B (Sonnet) merge aurretik

  7. 07

    5 artefaktu kanoniko

    result, report, provenance, gate_status, session

4 GERUZAKO ARKITEKTURA

GERUZA 1 · ORKESTRATZAILEA

hordago core

Asmo bideratzailea + ebidentzia kontratuak

GERUZA 2A · MCP ZERBITZARIAK

10 zerbitzari, 16+ tresna

PubMed, ChEMBL, bioRxiv, Knowledge Graph…

GERUZA 2B · ARRAZOIKETA PLUGINAK

Bost plugin konposatu

co-writer, co-scientist, sophia, paper-intel, knowledge-graph

GERUZA 2C · DOMAINOS

28 domeinu espezializatu

CRISPRos, GWASos, BIOos, onco-os…

ARRAZOIKETA GERUZA

Claude-k konposatzen dituen bost plugin.

Plugin bakoitza evidence-first arrazoiketa sistema bat da, bere skill, agente eta MCP tresnekin. Claude-k elkarrekin konposatzen ditu edozein lan-fluxurako — idazteko, hipotesiak egiteko, arrazoitzeko, claim-ak jarraitzeko, ezagutza lotzeko.

co-writer

34 skill · 5 agente

Compiles scientific writing

Compiles submission-grade papers, grants, biosketches, and CVs from structured intent and lab data. Every output compiled from artifacts, with claim-to-evidence tracking and venue formatting.

  • — compile-manuscript
  • — evidence-audit
  • — scientific-writing
  • — peer-review
  • — compliance-lint

co-scientist

8 skill · 7 agente

Generates and critiques hypotheses

Hypothesis-driven research assistant. Generates, critiques, and evaluates hypotheses using the Swanson ABC model across a 6-phase pipeline — Scout → Generate → Critique → Scan → Plan → Review — with Elo tournament ranking.

  • — hypothesis-generate
  • — hypothesis-critique
  • — analysis-plan
  • — novelty-scan
  • — gap-detect

sophia-claudette

7 skill · 9 agente

Audits scientific reasoning

Scientific reasoning plugin for Claude Code. Runs as automatic background observations and an explicit deep mode — uncertainty calibration, causal skepticism, drift auditing, epistemic diagnostics.

  • — uncertainty-calibration
  • — causal-skepticism
  • — drift-audit
  • — epistemic-math
  • — decision-audit

paper-intelligence

12 skill · 3 agente · 5 MCP

Extracts and tracks claims

Extracts structured claims from scientific papers, builds evidence graphs, and queries claim relationships. Seven-stage ingestion: ingest → extract → normalize → dedup → link → tag → upsert. Provenance is never fabricated.

  • — paper-ingest
  • — claim-extract
  • — claim-graph-query
  • — contradiction-detection
  • — claim-provenance

knowledge-graph

5 skill · 1 agente · 11 MCP

Unifies biomedical knowledge

Universal biomedical knowledge graph infrastructure. Neo4j graph + DuckDB columnar + SQLite FTS5 text search, Biolink Model schema, namespace-isolated across pi, t1d, gwas, crispr, tools, hyp, skill.

  • — graph-query
  • — graph-ingest
  • — graph-search
  • — graph-explore
  • — graph-status

28 DOMAINOS PRODUKTU

Stack bat, bizitza zientzien domeinu guztiak.

DomainOS bakoitzak bere arloko lan-fluxuak, ebidentzia ateak eta jatorri baldintzak paketatzen ditu, eta domeinu horretako mugimenduetarako arrazoiketa pluginak konposatzen ditu.

Genomics & Variants (8)

  • BIOos

    Alignment, QC, RNA-seq

  • GWASos

    Association, fine-mapping

  • varfx-os

    Variant annotation

  • finemap-os

    Statistical fine-mapping

  • prs-os

    Polygenic risk scores

  • mendel-os

    Mendelian genetics

  • clinvar-os

    ClinVar interpretation

  • longread-os

    ONT, PacBio

Cell & Molecular (4)

Omics (5)

  • onco-os

    Somatic, neoantigen

  • microbiome-os

    16S, metagenomics

  • proteomics-os

    Mass spec

  • metab-os

    Metabolomics

  • immuno-os

    Immune repertoire

Imaging & Structure (2)

  • struct-os

    AlphaFold, docking

  • bioimage-os

    Microscopy

Clinical & Regulatory (3)

  • rare-os

    Rare disease, ACMG

  • clinical-os

    EHR, PyHealth

  • reg-os

    ISO 13485, FDA QMSR

Drug Discovery (3)

  • chem-os

    Cheminformatics

  • admet-os

    ADMET prediction

  • virtual-screen-os

    Virtual screening

Systems & Networks (3)

  • systems-os

    Systems biology

  • pathway-os

    Pathway analysis

  • grn-os

    Gene regulatory networks

MCP DATU GERUZA

Hamar zerbitzari, eskariaren arabera.

Datu-base biomedikoetarako sarrera eskariaren arabera, Model Context Protocol bidez. Zerbitzariak geldi egoten dira tresna bat deitu arte — kontsultak eta bere erantzunak bakarrik kontsumitzen dute testuingurua.

biocontext7

2,064 deep bioinformatics skills

stdio

PubMed

36M+ biomedical articles

HTTP

ChEMBL

2.4M bioactive compounds

HTTP

bioRxiv

Preprints (bio + med)

HTTP

ClinicalTrials

ClinicalTrials.gov registry

HTTP

Open Targets

Drug target evidence

HTTP

Synapse

Sage Bionetworks data

HTTP

BioRender

Scientific figure generation

HTTP

Knowledge Graph

Neo4j biomedical KG

stdio

Paper Intelligence

Claim graph queries

stdio

LAN-FLUXU KONPOSATUEN KATALOGOA

1.062+ skill 8 gaitasun geruzan.

Skill bakoitza kontratu tipatu bat da, sarrerak, irteerak, jatorria eta balidazioarekin. Agenteek konposatzen dituzte urratsak asmatu gabe.

Idazketa eta argitalpena

34

eskuizkribuak, grantak, CV-ak, aurkezpenak, posterrak, slide-ak, literatura berrikuspenak, peer review, Google Docs

Aurkikuntza eta hipotesiak

8

co-scientist pipeline-a, hypothesis-generate/critique, novelty-scan, gap-detect, controversy-map

Arrazoiketa eta epistemika

7

sophia modu sakona, ziurgabetasun kalibraketa, matematika epistemikoa, kausalitate eszeptizismoa, deriba auditoria

Ezagutza eta claim-ak

17

paper-en hartzea, claim-en ateratzea, grafoko kontsultak, gap detekzioa, kontraesan eskaneatzea, zita sareak

Estatistika eta analisia

9

Cox erregresioa, power-analyst, multi-konparazioa, efektu-tamaina, assumption-checker, test-selector, denbora-serieak

Datuen bisualizazioa

11

matplotlib-publication, seaborn-stats, viz interaktiboa, figure-compose, eskemak, zita sareak

Egiaztapen azpiegitura

6

verified-skills (CONTRACT.json), evidence-audit, context-discovery-mcp (GPU embeddings)

Pipeline-ak eta kanpoko zerbitzuak

22

BIOos, Karpathy 6-phase, Benchling, DNAnexus, Ginkgo, LatchBio, Opentrons, OMERO, Modal

ZENBAKIETAN

Uneko egoera.

1.062+

Skill guztira

185+

Agente guztira

28

DomainOS produktuak

16+

MCP tresnak

5

Motorraren pluginak

56

Erakundeko repoak

10

MCP datu zerbitzariak

9

Estatistika primitiboak

Konposatu sistema osoa.

Hasi DomainOS batekin, gehitu arrazoiketa motorrak, konektatu MCP datu geruzara. Irteera bakoitzak puntu-puntuko jatorri auditagarria darama.

Arakatu produktuak Ikusi GitHub-en